https://matroska.org/faq.html
FAQ упоминает плюсы засовывания аудио в Matroska контейнер:
* метаинформация унифицировано для всех видов кодеков будет
передаваться. В MP3 можно одни форматы засунуть, во FLAC другие, в
WavPack третьи. В .mka всё будет под одну гребёнку
* можно все трэки засунуть в один файл, а дальше разделить его на части,
главы, отдельные трэки внутри метаинформации. Многие делают .flac+.cue,
а тут один файл, независимо от кодеков
* если вы разработчик, то не нужно заниматься написанием декодирования
кадров, так как этим зам Matroska контейнер уже обеспокоился
* можно объединять в сборники файлы разных кодеков/форматов
* за счёт сжатия заголовков, результирующий .mka файл может быть меньше
чем оригинальный. Действительно, например WavPack файлы у меня на пару
десятков килобайт становятся меньше