git bundle это архив веток/коммитов. Если у вас нет прямого подключения
к серверу с репозиторием, то ветки можно передать через этот
store-and-forward метод. Он специально заточен под использование в
условиях флоппинета. Отдавать полностью склонированный репозиторий на
флешке -- может быть огромный overhead.
Кроме того, git протокол не умеет делать докачку данных. Через bundle
можно сделать репозиторий простым файлов, который уже докачивать как
угодно. Например склонировать репозиторий Linux на не очень каналах --
испытание. Получив bundle, который делается раз в неделю, это сделать
легко, потом, подключив репозиторий, докачать накопившиеся за неделю
коммиты.
https://www.kernel.org/cloning-linux-from-a-bundle.html