Я не знаю как это проделывают другие, но большие репы (NetBSD, OpenBSD,
Linux) -- у меня абсолютно всегда останавливаются на какой-то отметке и
дальше соединение рвётся. А продолжить докачку нельзя. Когда-то я видел
что Linux выкладывает еженедельные git-bundle файлы, которые можно с
докачкой забрать по HTTP, а потом уже докачать diff через Git протокол.
Отличное решение! Но Github такого не предоставляет. Прежде я всё же
находил другие зеркала с которых, пускай не самую свежую версию, но
можно было бы стянуть, а потом уже докачать с Github. Сейчас ещё один
способ нашёл: clone --depth 1 сделать, а потом fetch --depth XXX и
fetch --unshallow.