На работе человек наткнулся на то, что cp даже с -a опцией далеко не всё
копирует. А на современных Ubuntu и всяких Mandriva он заметил что не
мало хранится в расширенных атрибутах например. Под FreeBSD помню что
флаги файлов (chflags) тоже не копируются. Коллега вроде как-то решил
проблему rsync-ом, что мы оба понимаем абсолютный overhead. Я же лучшего
решения чем tar c | tar x не знаю. Безусловно зависит от tar-а, но шансы
что в ОС будет tar который не будет "есть" всё что сама ОС использует малы.