В большинстве дистрибутивах, видел что скрипты запуска OpenSSH сервера
генерируют ключевые пары если видят что какой-то нет. Увидел что в
FreeBSD можно выставить в /etc/rc.conf:
sshd_rsa_enable=no
sshd_dsa_enable=no
sshd_ecdsa_enable=no
чтобы отключить всякое ненужное. Демон сам увидит какие ключевые пары
имеются.