]> Sergey Matveev's repositories - public-inbox.git/commitdiff
extindex: speed up --reindex --fast
authorEric Wong <e@80x24.org>
Mon, 11 Oct 2021 08:06:15 +0000 (08:06 +0000)
committerEric Wong <e@80x24.org>
Tue, 12 Oct 2021 03:40:28 +0000 (03:40 +0000)
This required some tweaking of xref3 indices in over.sqlite3,
but the end result is it brings no-op "--reindex --fast --all"
checks down to roughly 20 minutes (from 30-40 minutes) on
lore/all.

This is faster because a bunch of small SQLite queries are still
slower en-mass than a bunch of perlops.  Despite the lack of IPC
overhead, crossing .so boundaries and repeating lookups over
btrees is still slower than doing the same with Perl hash tables.

lib/PublicInbox/ExtSearchIdx.pm
lib/PublicInbox/Over.pm
lib/PublicInbox/OverIdx.pm

index d589d2c00f1a0aa508340fcfb040031b9972beb1..8da98ba44a9a2d1ad48929ac116559bf6b591a76 100644 (file)
@@ -807,10 +807,53 @@ sub reindex_unseen ($$$$) {
        $self->git->cat_async($xsmsg->{blob}, \&_reindex_unseen, $req);
 }
 
-sub _reindex_check_unseen ($$$) {
+sub _unref_stale ($$$$$) {
+       my ($sync, $docid, $ibx, $xnum, $oidbin) = @_;
+       my $del = $sync->{self}->{oidx}->dbh->prepare_cached(<<'');
+DELETE FROM xref3 WHERE ibx_id = ? AND xnum = ? AND oidbin = ?
+
+       $del->bind_param(1, $ibx->{-ibx_id});
+       $del->bind_param(2, $xnum);
+       $del->bind_param(3, $oidbin, SQL_BLOB);
+       $del->execute;
+       my $xr3 = $sync->{self}->{oidx}->get_xref3($docid, 1);
+       my $idx = $sync->{self}->idx_shard($docid);
+       if (scalar(@$xr3) == 0) { # all gone
+               $sync->{self}->{oidx}->delete_by_num($docid);
+               $sync->{self}->{oidx}->eidxq_del($docid);
+               $idx->ipc_do('xdb_remove', $docid);
+       } else { # enqueue for reindex of remaining messages
+               $idx->ipc_do('remove_eidx_info', $docid, $ibx->eidx_key);
+               $sync->{self}->{oidx}->eidxq_add($docid); # yes, add
+       }
+}
+
+sub _unref_stale_range ($$$) {
+       my ($sync, $ibx, $lt_or_gt) = @_;
+       my $r;
+       my $lim = 10000;
+       do {
+               $r = $sync->{self}->{oidx}->dbh->selectall_arrayref(
+                       <<EOS, undef, $ibx->{-ibx_id});
+SELECT docid,xnum,oidbin FROM xref3
+WHERE ibx_id = ? AND xnum $lt_or_gt LIMIT $lim
+EOS
+               return if $sync->{quit};
+               for (@$r) { # hopefully rare, not worth optimizing:
+                       my ($docid, $xnum, $oidbin) = @$_;
+                       my $hex = unpack('H*', $oidbin);
+                       warn("# $xnum:$hex (#$docid): stale\n");
+                       _unref_stale($sync, $docid, $ibx, $xnum, $oidbin);
+               }
+       } while (scalar(@$r) == $lim);
+       1;
+}
+
+sub _reindex_check_ibx ($$$) {
        my ($self, $sync, $ibx) = @_;
        my $ibx_id = $ibx->{-ibx_id};
-       my $slice = 1000;
+       my $slice = 10000;
+       my $opt = { limit => $slice };
        my ($beg, $end) = (1, $slice);
        my $err = sync_inbox($self, $sync, $ibx) and return;
        my $max = $ibx->over->max;
@@ -820,11 +863,12 @@ sub _reindex_check_unseen ($$$) {
        my $msgs;
        my $pr = $sync->{-opt}->{-progress};
        my $ekey = $ibx->eidx_key;
-       local $sync->{-regen_fmt} =
-                       "$ekey checking unseen %u/".$ibx->over->max."\n";
+       local $sync->{-regen_fmt} = "$ekey checking %u/$max\n";
        ${$sync->{nr}} = 0;
        my $fast = $sync->{-opt}->{fast};
-       while (scalar(@{$msgs = $ibx->over->query_xover($beg, $end)})) {
+       my $dsu; # _unref_stale_range (< $lo) called
+       my ($lo, $hi);
+       while (scalar(@{$msgs = $ibx->over->query_xover($beg, $end, $opt)})) {
                ${$sync->{nr}} = $beg;
                $beg = $msgs->[-1]->{num} + 1;
                $end = $beg + $slice;
@@ -832,92 +876,48 @@ sub _reindex_check_unseen ($$$) {
                if (checkpoint_due($sync)) {
                        reindex_checkpoint($self, $sync); # release lock
                }
-
-               my $inx3 = $self->{oidx}->dbh->prepare_cached(<<'', undef, 1);
-SELECT DISTINCT(docid) FROM xref3 WHERE
-ibx_id = ? AND xnum = ? AND oidbin = ?
-
+               ($lo, $hi) = ($msgs->[0]->{num}, $msgs->[-1]->{num});
+               $dsu //= _unref_stale_range($sync, $ibx, "< $lo");
+               my $x3a = $self->{oidx}->dbh->selectall_arrayref(
+                       <<"", undef, $ibx_id, $lo, $hi);
+SELECT xnum,oidbin,docid FROM xref3 WHERE
+ibx_id = ? AND xnum >= ? AND xnum <= ?
+
+               my %x3m;
+               for (@$x3a) {
+                       my $k = pack('J', $_->[0]) . $_->[1];
+                       push @{$x3m{$k}}, $_->[2];
+               }
+               undef $x3a;
                for my $xsmsg (@$msgs) {
-                       my $oidbin = pack('H*', $xsmsg->{blob});
-                       $inx3->bind_param(1, $ibx_id);
-                       $inx3->bind_param(2, $xsmsg->{num});
-                       $inx3->bind_param(3, $oidbin, SQL_BLOB);
-                       $inx3->execute;
-                       my $docids = $inx3->fetchall_arrayref;
-                       # index messages which were totally missed
-                       # the first time around ASAP:
-                       if (scalar(@$docids) == 0) {
+                       my $k = pack('JH*', $xsmsg->{num}, $xsmsg->{blob});
+                       my $docids = delete($x3m{$k});
+                       if (!defined($docids)) {
                                reindex_unseen($self, $sync, $ibx, $xsmsg);
-                       } elsif (!$fast) { # already seen, reindex later
-                               for my $r (@$docids) {
-                                       $self->{oidx}->eidxq_add($r->[0]);
+                       } elsif (!$fast) {
+                               for my $num (@$docids) {
+                                       $self->{oidx}->eidxq_add($num);
                                }
+                               return if $sync->{quit};
                        }
-                       last if $sync->{quit};
-               }
-               last if $sync->{quit};
-       }
-}
-
-sub _reindex_check_stale ($$$) {
-       my ($self, $sync, $ibx) = @_;
-       my $min = 0;
-       my $pr = $sync->{-opt}->{-progress};
-       my $fetching;
-       my $ekey = $ibx->eidx_key;
-       local $sync->{-regen_fmt} =
-                       "$ekey checking stale/missing %u/".$ibx->over->max."\n";
-       ${$sync->{nr}} = 0;
-       do {
-               if (checkpoint_due($sync)) {
-                       reindex_checkpoint($self, $sync); # release lock
                }
-               # now, check if there's stale xrefs
-               my $iter = $self->{oidx}->dbh->prepare_cached(<<'', undef, 1);
-SELECT docid,xnum,oidbin FROM xref3 WHERE ibx_id = ? AND docid > ?
-ORDER BY docid,xnum ASC LIMIT 10000
-
-               $iter->execute($ibx->{-ibx_id}, $min);
-               $fetching = undef;
-
-               while (my ($docid, $xnum, $oidbin) = $iter->fetchrow_array) {
-                       return if $sync->{quit};
-                       ${$sync->{nr}} = $xnum;
-
-                       $fetching = $min = $docid;
-                       my $smsg = $ibx->over->get_art($xnum);
-                       my $err;
-                       if (!$smsg) {
-                               $err = 'stale';
-                       } elsif (pack('H*', $smsg->{blob}) ne $oidbin) {
-                               $err = "mismatch (!= $smsg->{blob})";
-                       } else {
-                               next; # likely, all good
-                       }
-                       # current_info already has eidx_key
-                       my $oidhex = unpack('H*', $oidbin);
-                       warn "$xnum:$oidhex (#$docid): $err\n";
-                       my $del = $self->{oidx}->dbh->prepare_cached(<<'');
-DELETE FROM xref3 WHERE ibx_id = ? AND xnum = ? AND oidbin = ?
-
-                       $del->bind_param(1, $ibx->{-ibx_id});
-                       $del->bind_param(2, $xnum);
-                       $del->bind_param(3, $oidbin, SQL_BLOB);
-                       $del->execute;
-
-                       # get_xref3 over-fetches, but this is a rare path:
-                       my $xr3 = $self->{oidx}->get_xref3($docid, 1);
-                       my $idx = $self->idx_shard($docid);
-                       if (scalar(@$xr3) == 0) { # all gone
-                               $self->{oidx}->delete_by_num($docid);
-                               $self->{oidx}->eidxq_del($docid);
-                               $idx->ipc_do('xdb_remove', $docid);
-                       } else { # enqueue for reindex of remaining messages
-                               $idx->ipc_do('remove_eidx_info', $docid, $ekey);
-                               $self->{oidx}->eidxq_add($docid); # yes, add
+               return if $sync->{quit};
+               next unless scalar keys %x3m;
+
+               # eliminate stale/mismatched entries
+               my %mismatch = map { $_->{num} => $_->{blob} } @$msgs;
+               while (my ($k, $docids) = each %x3m) {
+                       my ($xnum, $hex) = unpack('JH*', $k);
+                       my $bin = pack('H*', $hex);
+                       my $exp = $mismatch{$xnum};
+                       my $m = defined($exp) ? "mismatch (!= $exp)" : 'stale';
+                       warn("# $xnum:$hex (#@$docids): $m\n");
+                       for my $i (@$docids) {
+                               _unref_stale($sync, $i, $ibx, $xnum, $bin);
                        }
                }
-       } while (defined $fetching);
+       }
+       _unref_stale_range($sync, $ibx, "> $hi") if defined($hi);
 }
 
 sub _reindex_inbox ($$$) {
@@ -927,8 +927,7 @@ sub _reindex_inbox ($$$) {
        if (defined(my $err = _ibx_index_reject($ibx))) {
                warn "W: cannot reindex $ekey ($err)\n";
        } else {
-               _reindex_check_unseen($self, $sync, $ibx);
-               _reindex_check_stale($self, $sync, $ibx) unless $sync->{quit};
+               _reindex_check_ibx($self, $sync, $ibx);
        }
        delete @$ibx{qw(over mm search git)}; # won't need these for a bit
 }
index 98de82c048c86889c543cc3c871d647c5f7642c6..30ad949dd027153f30835f928c962d00e5d9f82a 100644 (file)
@@ -108,8 +108,8 @@ sub do_get {
 }
 
 sub query_xover {
-       my ($self, $beg, $end) = @_;
-       do_get($self, <<'', {}, $beg, $end);
+       my ($self, $beg, $end, $opt) = @_;
+       do_get($self, <<'', $opt, $beg, $end);
 SELECT num,ts,ds,ddd FROM over WHERE num >= ? AND num <= ?
 ORDER BY num ASC
 
index 985abbf4e693de8f01939556abca07504fa21eae..46f7a066275a74bd31f9c5670dc15c3bbfbee236 100644 (file)
@@ -543,9 +543,13 @@ CREATE TABLE IF NOT EXISTS xref3 (
        $dbh->do('CREATE INDEX IF NOT EXISTS idx_docid ON xref3 (docid)');
 
        # performance critical, this is not UNIQUE since we may need to
-       # tolerate some old bugs from indexing mirrors
-       $dbh->do('CREATE INDEX IF NOT EXISTS idx_nntp ON '.
-               'xref3 (oidbin,xnum,ibx_id)');
+       # tolerate some old bugs from indexing mirrors.  n.b. we used
+       # to index oidbin here, but leaving it out speeds up reindexing
+       # and "XHDR Xref <$MSGID>" isn't any slower w/o oidbin
+       $dbh->do('CREATE INDEX IF NOT EXISTS idx_reindex ON '.
+               'xref3 (xnum,ibx_id)');
+
+       $dbh->do('CREATE INDEX IF NOT EXISTS idx_oidbin ON xref3 (oidbin)');
 
                $dbh->do(<<'');
 CREATE TABLE IF NOT EXISTS eidx_meta (